This repository contains a template to be used as a starting point for a new NiPrep processing pipeline.
A NiPreps project named {{project_name}} (e.g. MyPrep) will typically have the following structure:
{{project_slug}}/
├── .github/
│ └── ...
├── .maint/
│ └── ...
├── docs/
│ └── ...
├── tests/
│ └── ...
├── {{project_slug}}/
│ ├── cli/
│ │ ├── __init__.py
│ │ ├── parser.py
│ │ ├── run.py
│ │ ├── version.py
│ │ └── workflow.py
│ ├── data/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── ...
│ ├── interfaces/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── ...
│ ├── utils/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── bids.py
│ ├── workflows/
│ │ └── base.py
│ ├── __init__.py
│ ├── __main__.py
│ ├── config.py
│ └── conftest.py
├── ...
├── Dockerfile
├── ...
├── pyproject.toml
├── README.md
└── tox.ini
where {{project_slug}} corresponds to the all lowercase name of the project to be used as the root directory to host
the relevant processing source code (e.g. myprep).