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File metadata and controls

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jsrc

用于生物信息学分析和科学计算的 Python 库。

安装

推荐(使用 uv tool 全局安装命令行):

uv tool install jsrc

使用 uv 虚拟环境安装:

uv venv
source .venv/bin/activate
uv pip install jsrc

使用 Conda 创建虚拟环境并通过 pip 安装:

conda create -n jsrc python=3.11 -y
conda activate jsrc
pip install jsrc

快速开始

jsrc --help
jsrc <module> --help
jsrc <module> <subcommand> --help

模块总览

模块 说明
seq 序列提取、重命名、翻译、QC、k-mer、滑窗分析
genome 基因组统计、特征检测、比较分析、进化分析
plot 基因/外显子/染色体/结构域等可视化
analyze 系统发育、motif、一致序列、SNP/INDEL、QC
grn GRN 转换、中心性分析、build 打包与服务
vision 图像轮廓提取、EFD 描述子、形态指标
job 后台任务提交、查看、日志、终止、历史清理

错误输出约定

  • 用户输入/参数错误统一输出为 Error: <message>
  • 缺失文件、参数非法、输入不匹配等场景尽量保持同一风格。

模块文档