用于生物信息学分析和科学计算的 Python 库。
推荐(使用 uv tool 全局安装命令行):
uv tool install jsrc使用 uv 虚拟环境安装:
uv venv
source .venv/bin/activate
uv pip install jsrc使用 Conda 创建虚拟环境并通过 pip 安装:
conda create -n jsrc python=3.11 -y
conda activate jsrc
pip install jsrcjsrc --help
jsrc <module> --help
jsrc <module> <subcommand> --help| 模块 | 说明 |
|---|---|
seq |
序列提取、重命名、翻译、QC、k-mer、滑窗分析 |
genome |
基因组统计、特征检测、比较分析、进化分析 |
plot |
基因/外显子/染色体/结构域等可视化 |
analyze |
系统发育、motif、一致序列、SNP/INDEL、QC |
grn |
GRN 转换、中心性分析、build 打包与服务 |
vision |
图像轮廓提取、EFD 描述子、形态指标 |
job |
后台任务提交、查看、日志、终止、历史清理 |
- 用户输入/参数错误统一输出为
Error: <message>。 - 缺失文件、参数非法、输入不匹配等场景尽量保持同一风格。