module-grn.md

jsrc grn

基因调控网络（GRN）的分析和交互可视化。从边表到可交互的力导向图，支持展开、搜索、导出。

net2json

把 GRN 边表（TSV）转换成 JSON 格式，供后续展示使用。

示例输入（grn.tsv）：

GENE_A	GENE_B	0.82
GENE_B	GENE_C	1.15

jsrc grn net2json -i grn.tsv -o json/grn.json

• -i, --input：GRN 边表输入（tab 分隔）。
• -o, --output：输出 JSON 路径。

anno2json

把对应的注释 TSV 转换为 JSON。

示例输入（annotation.tsv）：

GENE_A	Anthranilate synthase	AT1G01010
GENE_B	Transcription factor	Potri.001G000100

jsrc grn anno2json -i annotation.tsv -o json/annotation.json

• -i, --input：注释 TSV。
• -o, --output：输出 annotation.json。

build

根据 grn 网络关系 JSON 文件和注释 JSON 文件（可选）构建的静态页面，可打包为 ZIP 用于部署。-a 为全视图模式（节点数低于阈值时自动全网展示），-e 为点击展开模式。

jsrc grn build -d public -g json/grn.json -n json/annotation.json -a -t 200
jsrc grn build -d public -g json/grn.json -z public.zip -e

• -d, --dir：输出目录（默认当前目录）。
• -g, --grn-json：grn.json 路径，复制到输出目录的 json/ 下。
• -n, --annotation-json：annotation.json 路径（可选）。
• -z, --zip-output：ZIP 输出路径。
• -a, --all：全视图模式。
• -e, --expand：点击展开模式。
• -t, --threshold：-a 模式阈值（默认 300）。
• --max-nodes：全视图最多节点数（0 = 全部）。

serve

本地启动 HTTP 服务展示 GRN 网络。支持 all/expand 展示模式。默认端口 8000。

jsrc grn serve -d public -g json/grn.json -p 8000 -a -t 200
jsrc grn serve -d public -g json/grn.json \
  -n json/annotation.json -e

• -d, --dir：public 目录（默认当前目录）。
• -g, --grn-json：grn.json 路径（必填）。
• -n, --annotation-json：annotation.json 路径（可选）。
• -p, --port：HTTP 端口（默认 8000）。
• -a, --all：全视图模式。
• -e, --expand：点击展开模式。
• -t, --threshold：-a 模式阈值（默认 300）。

centrality

计算网络中每个节点的入度、出度和总度，按总度排序输出 hub 基因。

jsrc grn centrality -i grn.tsv --sep "\t" --top 30

• -i, --input：边表。
• --sep：列分隔符（默认自动识别空白/tab）。
• --top：输出前 N 个节点（默认 20）。