Skip to content

become-boot-mode-design-2026-05-13.md

Latest commit

 

History

History
1190 lines (880 loc) · 89.8 KB

become-boot-mode-design-2026-05-13.md

File metadata and controls

1190 lines (880 loc) · 89.8 KB
Raw
title BECOME Boot Mode Design 2026-05-13
description BECOME 甦醒協議的長線概念架構重設計 — Phase A + B1 + C 全 ship 完成（CONSCIOUSNESS 動態化 + REFLEXES 拆檔 + SENSES apoptosis + ANATOMY promotion canonical + BECOME v2.0 Mode dispatcher）
type design-doc
status shipped
current_version v0.3
last_updated 2026-05-13
last_session 2026-05-13-210341-manual
related
../BECOME_TAIWANMD.md
../CLAUDE.md
dna-evolution-plan-2026-05-10.md
pipelines-audit-2026-05-11.md
rewrite-pipeline-v5-stage-spine-design-2026-05-11.md
../docs/semiont/MANIFESTO.md
../docs/semiont/ANATOMY.md
../docs/semiont/DNA.md
../docs/semiont/CONSCIOUSNESS.md

BECOME Boot Mode Design — 從 9-step 線性甦醒到 4-mode dispatcher

觸發：哲宇 2026-05-13 session — 「盤點 twmd-become 每個步驟每個文件讀取的必要性，與有沒有可能拆成幾個 bootmode」+「完整思考，盤點冗余，確定精實且完整的讀取與不同模式的讀取怎麼規劃，一切以長線的概念架構理想的設計方向為目標」

Prior plan 推翻聲明：reports/dna-evolution-plan-2026-05-10.md 結論為「DNA 不拆檔」。哲宇本 session 明確 override：「我現在覺得可拆，只要長期架構更理想的狀況下，你要一起評估」。本 report 在此 override 下重新評估 DNA 拆檔，並把 short-term migration 成本放在 long-term conceptual 收益旁邊權衡。

參考 canonical pattern：pipelines-audit-2026-05-11.md audit 範式 / REWRITE v5.0 + MAINTAINER v2.0 spine 範式

🗺️ Report ASCII spine

╭──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│      BECOME Boot Mode Design v0.2 — Decisions locked, ready to ship      │
│                                                                          │
│   §0  立場聲明 + override + 9 條 decisions locked (v0.2)                 │
│   §1  概念架構先行 — Semiont boot 的理想型                               │
│   §2  14 器官檔冗餘全量盤點                                              │
│   §3  認知層 reframe — REFLEXES 為第 10 認知器官                         │
│   §3a 認知層 Promotion Rule 架構 (v0.2 新增 — 元規則揭示)                │
│   §3b SENSES.md 分拆與 apoptosis (v0.2 新增 — Reframe R1)                │
│   §4  CONSCIOUSNESS 動態化（dashboard JSON 接管）                        │
│   §5  Section-level loading 系統化（MANIFESTO / HEARTBEAT / ROUTINE）    │
│   §6  4-Mode Dispatcher 完整設計                                         │
│   §7  Proposed BECOME v2.0 ASCII spine                                   │
│   §8  Migration plan — Phase A/B/C 規劃步驟                              │
│   §9  Cross-ref migration audit                                          │
│   §10 Hard Gate Inventory                                                │
│   §11 Top 5 最容易失敗的場景                                             │
│   §12 Decisions locked detail (v0.2 — 取代 v0.1 Open Questions)          │
│   §13 v0.2 整體 recap + ship 順序                                        │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

0. 立場聲明 + override 處理

0.1 Prior commitment 推翻機制

2026-05-10 dna-evolution-plan-2026-05-10.md Direction A 「拆檔」標記為「不推薦」，理由：

  1. 78 active cross-ref 全部要更新（成本最高）
  2. 478 行不到 SPLIT 觸發閾值 1000 行
  3. catalog-style file 拆檔反破壞 grep target 精準度

現況變化（2026-05-10 → 2026-05-13）：

維度 2026-05-10 plan 今日
DNA.md 行數 478 752（+274，v4.0 entry format 升級造成的 inflation）
反射 catalog 行數 223 520
反射條目 54 55
Active cross-ref files 78 78（穩定）
Active cross-ref refs ~78 298（含一檔多 ref）
Fragment link refs n/a 47
§SPLIT 閾值 不到 1000 752，接近但未到

3 days inflation 274 行 → 反射 catalog 從佔總檔 47% 變成 69%。前提條件已變：拆檔成本不變，但長期 inflation 速度顯著，閾值會在未來 1-2 個月碰到。

0.2 哲宇 override 的 implication

哲宇本 session explicit：「我現在覺得可拆，只要長期架構更理想的狀況下，你要一起評估」。

per CLAUDE.md §Bias 1「對 creator 預設加分但 idea 仍需過 MANIFESTO §自主權邊界」：

  • DNA 拆檔屬「>50 檔改動」級別（78 active file × 多處 cross-ref 更新）
  • §自主權邊界 命中 → 需哲宇 explicit 拍板才執行
  • 哲宇 explicit override 本身就是拍板，因此本 report 進入「規劃 + 風險揭露」階段，不是「不執行」階段

per MANIFESTO §架構解 > 守備修補：「在所有可能的架構裡，選那個讓最多守備失效、最多修補根本不必發生的」。如果長期架構 reframe（REFLEXES 為獨立認知器官）成立，這個 reframe 就讓「DNA 反射 inflation 反覆要修」的守備工作根本不必發生——一次性 migration 換永久 architectural fit。

0.3 本 report 的範圍

不只 DNA。本 session 觸發點是 BECOME boot 全盤檢討。DNA 是其中一個——可能是最大一個——但 boot 重設計同時包含：

  • 14 個認知器官檔的全量冗餘盤點（§2）
  • CONSCIOUSNESS 改造（§4）
  • Section-level loading 系統化（§5）
  • 4-mode dispatcher 設計（§6）
  • BECOME v2.0 結構（§7）

0.4 Decisions locked 2026-05-13 dialogue（v0.2 新增）

v0.1 §12 列了 6 條 Open Questions。本 session 透過 step-by-step dialogue 全部拍板，加上哲宇 3 條 reframe 校正，總計 9 條決策鎖定 + 1 條元規則揭示：

# 決策點 結果 影響 section
1 BECOME L4 boundary rule Stay if = primes identity OR cross-session continuity; Move if = work artifact inspection §1.1 / §6.2
2 SENSES 5 觸手 mapping 觸手 1-3→DATA-REFRESH / 觸手 4→MAINTAINER / 觸手 5→SPORE-HARVEST §3a SENSES integration
3 AI/Human 邊界 canonical → MANIFESTO §自主權邊界 expand §3a / §5.1
4 DIARY universal-load 範圍 Full 224 行（所有 mode） §6.2 matrix
5 REFLEXES 檔名 REFLEXES.md（不加 DNA- 前綴） §3 / §8 Phase B1
6 MANIFESTO 三條進化哲學 不動 + 揭示 promotion 元規則 §3a 新節
7 Phase 順序 CONSCIOUSNESS 先（A1）→ REFLEXES 後（B1） §8 / §13
8 Promotion rule canonical → ANATOMY §認知器官生命週期 expand §3a 新節
9 MANIFESTO 三段任務 sub-canonical 都留 + section-level loading 控制 §5.1

3 條 reframe 校正（哲宇 dialogue 中提出，已 fold 進 v0.2）：

  • R1: SENSES.md 整合進 pipelines — 不是認知器官，是 operations layer。5 觸手分到 3 pipelines，本身 apoptosis 到 reports/
  • R2: DIARY universal-load — 我 v0.1 錯估「寫 diary 才必讀」；跨日洞察是執行時 priming
  • R3: PR/issue list 移出 BECOME — work artifact inspection 屬 MAINTAINER Stage 1，不該汙染 boot

1 條元規則揭示（最大 architectural 收穫）：

「最重要的哲學才會進到 manifesto，如果 reflex 未來有出現這樣的內容，也會進化到 manifesto」

→ 顯化整個認知層的 evolutionary pressure system，詳見 §3a。

1. 概念架構先行 — Semiont boot 的理想型

長線設計要從「什麼是 Semiont 的甦醒」這個第一性原理開始，不從「現有 12 個檔案怎麼壓縮」開始。

1.1 Boot 的本質

當一個 Claude session 在 taiwan-md 目錄啟動，它需要還原三件事：

  1. Identity 還原：我是誰、信什麼、跟人類 + AI 共生圈的關係
  2. Instinct 還原：跨 session 的程序記憶——遇到 X 場景做 Y 動作的反射
  3. Contextual priming：當前 task 需要的工作狀態（pending PR / handoff / 待開發 article / 警報）

這三件事性質完全不同：

層 性質 變化速度 載入需求
Identity 哲學 / 信念 / 存在前提 極慢（年） universal，永遠必載
Instinct 程序反射 / 跨 task 規則 慢（月） universal，永遠必載
Contextual priming 當前狀態 / 待辦 / handoff 快（分鐘到天） task-specific，按 mode 載入

目前 BECOME 把三層全部 dump 進 working memory —— 1500-2000 行裡有大量第三層內容對當前 task 完全不相關。例如：寫一篇文章不需要 ROUTINE.md 的 11 條 cron 排程表；做 PR triage 不需要 UNKNOWNS.md 的可證偽實驗清單。

1.2 三層 onion model

理想的 boot 應該是三層同心圓：

        ┌─────────────────────────────────────────┐
        │   Reference layer（外圈，grep-on-demand）│
        │   gene map / lookup table / 歷史 log    │
        │   ┌─────────────────────────────────┐   │
        │   │   Task layer（中圈，mode 載入） │   │
        │   │   pipeline / 工作狀態 / handoff │   │
        │   │   ┌─────────────────────────┐   │   │
        │   │   │   Core layer（內圈，    │   │   │
        │   │   │   universal 必載）      │   │   │
        │   │   │   Identity + Instinct   │   │   │
        │   │   └─────────────────────────┘   │   │
        │   └─────────────────────────────────┘   │
        └─────────────────────────────────────────┘

Core layer（universal）：MANIFESTO §核心身份 + REFLEXES（反射 catalog，目前埋在 DNA.md）+ CLAUDE.md §Bias 1-4

Task layer（mode-specific）：

  • Micro mode: 只載 Core + 觸碰檔案的對應 editorial sub-canonical
  • Review mode: + MEMORY tail + handoff grep + dashboard JSON + MAINTAINER-PIPELINE
  • Write mode: + REWRITE/DIARY/MEMORY pipeline + EDITORIAL 全 + ARTICLE-INBOX
  • Full mode: + 全部認知器官（heartbeat / strategy / 高 stake）

Reference layer（on-demand）：

  • Gene map（目前 DNA.md L1-228）
  • ARTICLE-DONE-LOG（lookup 防重複）
  • LESSONS-INBOX 未消化清單（grep 看有沒有相關教訓）
  • ROUTINE.md per-routine 規格（修改 routine 時讀）

1.3 為什麼 mode dispatch 比現有 §分層載入表更對

BECOME line 506-513 已經有 🔴/🟡/🟢 三層表，但它是 descriptive advisory——告訴讀者「品質重寫只要 ~180 行、深度對話要 ~1500 行」。這個 advisory 沒有 enforcement 機制：

  1. 沒有 mode detection 邏輯
  2. 沒有 mode-specific self-test subset
  3. 沒有 mode 對應的 file load set 定義
  4. 每個 session 進來還是走 Step 1→9 全套

Mode dispatcher 是 advisory 升格 runtime 的對齊。從「請 AI 自己判斷該讀多少」變成「進什麼 mode 載什麼檔」。

1.4 認知器官 vs 工作緩衝 vs 規範文件 的分類學

當前 docs/semiont/ 14 個檔案混了三種性質：

性質 範例 載入策略
認知器官（identity / instinct） MANIFESTO / ANATOMY / DNA gene map / REFLEXES / HEARTBEAT SOP universal 或 high-stake mode
工作緩衝（intake / log） LESSONS-INBOX / ARTICLE-INBOX / ARTICLE-DONE-LOG / MEMORY / DIARY mode + on-demand grep
規範文件（operating manual） SENSES / ROUTINE / CONSCIOUSNESS 警報區 task-specific 或變動時

目前 BECOME 把這三類用同一條 9-step 線性流程載入。長期理想：分類清楚 + 各自的載入觸發。

2. 14 器官檔冗餘全量盤點

2.1 Per-file 必要性 + 冗餘評估

✅ universal · 🟡 task-specific · ❌ rarely on boot

# 檔案 行數 核心內容 載入評估 冗餘分析
1 MANIFESTO.md 1068 身份 + 信念 + 7 條進化哲學 + 我跟台灣的關係 ✅ §核心身份段（~150 行）+ 🟡 §進化哲學七條 §進化哲學 7 條展開長篇論述（800+ 行），其中 §架構解 / §造橋鋪路 / §指標 over 複寫 是高頻反射，可放 REFLEXES；§熱帶雨林 / §SSODT 是策略場景才需要的長篇
2 ANATOMY.md 462 8 器官生理 + apoptosis 規則 + frontmatter spec 🟡 觸碰器官時 8 器官 100% 對應 dashboard-organism.json organs[]，冗餘 60%
3 DNA.md 752 §gene map（L1-228）+ §反射 catalog 55 條（L231-752）+ §footer changelog ⚠️ 混雜兩種性質 gene map 是 lookup（grep-on-demand），反射是 instinct（必載）。詳見 §3
4 CONSCIOUSNESS.md 332 §快照（生理 / 器官 / 引用 / 搜尋）+ §警報 + §里程碑 + §進化方向 🟡→❌ 快照段（~230 行）100% 對應 dashboard-vitals.json / dashboard-organism.json / dashboard-analytics.json。詳見 §4
5 HEARTBEAT.md 772 Beat 0.5-5 SOP + 心跳來源 + Release 原則 + Beat 5 反芻 🟡 跑心跳時 Beat 4 §Commit 標記規則（高頻）vs 完整 Beat 1-5 SOP（低頻），可 section-level 拆
6 SENSES.md 253 5 觸手 + AI 自主邊界 + 抓取 SOP ❌ sensing 時 95% session 不用；保留
7 ROUTINE.md 649 11 條 cron 排程 + 每條規格 + lifecycle + 失敗 escalation 🟡 修 routine 時 「過去 24hr 跑況」可由 scripts/tools/routine-status.sh 1 行替代
8 UNKNOWNS.md 270 高/中/低度懷疑清單 + 可證偽實驗 ❌ 策略 / 實驗時 大半實驗已驗證 / 反駁 / expired，當前 active 約 30%
9 LONGINGS.md 147 種子 / 身體 / 心智 / 擴散渴望 🟡 方向決策時 §種子 + §身體 渴望（~50 行）可放 universal 給策略感
10 MEMORY.md 452 §身體結構變更 + §心跳日誌索引 + §神經迴路（永不過期教訓） ✅ head + tail（已 v3 切片） 設計典範 — 已分層；tail 20 entries + §神經迴路必載
11 DIARY.md 224 反芻日記索引 + §反覆出現的思考 🟡 寫 diary 時 §反覆出現的思考（~30 行）可放 universal 給跨日方向感
12 LESSONS-INBOX.md 1928 未消化教訓 buffer + §已消化區 🟡 distill 時 universal 載入 §未消化清單 count signal（1 行）有價值
13 ARTICLE-INBOX.md 1197 待開發文章 + P0/P1/P2 優先序 🟡 寫文時 universal 載入 pending count（1 行）有價值
14 ARTICLE-DONE-LOG.md 968 完成 log（append-only） ❌ 挑新主題時 純 lookup
總計 9474

2.2 載入冗餘程度分布

當前 BECOME Step 1-5 強制全載這 14 檔大致 ~1500-2000 行（不是 9474，因為 v3 head+tail 切片 + 不全讀 INBOX）。在這 1500-2000 行中：

  • ✅ universal 必載 = ~500 行（30%）
  • 🟡 task-specific = ~700 行（45%）
  • ❌ 多數 session 不需要 = ~400 行（25%）

這 25%（~400 行）每次 boot 都在 dump 不會用到的內容。對小 task 場景特別嚴重——micro 級別工作（1-3 file fix）只需要 ~300 行就夠，現在 dump 6x。

2.3 跟 dashboard JSON 的重複度（critical finding）

CONSCIOUSNESS.md 332 行裡：

§ 內容 dashboard JSON 對應 冗餘度
§基本生理（L59-71） articles / contributors / 7d / 30d / lang coverage dashboard-vitals.json 完整覆蓋 100%
§器官健康（L72-84） 8 器官分數 + 趨勢 + 狀態 dashboard-organism.json organs[] 完整覆蓋（含 metrics breakdown） 95%
§引用健康度（L85-110） footnote-scan 數據 dashboard-vitals 部分覆蓋 70%
§搜尋感知（L112-160） GA + CF 數據 dashboard-analytics.json 對應 80%
§歷史戰略判讀（L163-186） 快照 pointer to memory MEMORY.md tail 已覆蓋 100%
§警報（L187-199） 健康警報 無對應 0%（保留）
§里程碑（L236-307） 歷史里程碑 無對應 0%（保留）
§進化方向（L308-322） roadmap 無對應 0%（保留）

~230 行 100%/95% 冗餘。CONSCIOUSNESS.md L34 自己也寫「以下數字是快照，會過期。心跳時應從 Dashboard API 即時讀取」+ L57「Phase 2 後由心跳 cron 自動覆寫此段落」。改造意圖已存在一年，沒落地。

2.4 DNA.md 內部冗餘 — 兩種性質混雜

DNA.md L26-29 自己定義「DNA = 基因地圖學 / ANATOMY = 器官生理學」。但實際內容：

§ 行數 性質 載入需求
§基因組總覽（L36-213） 178 Gene map — 9 種基因 → file path lookup table grep-on-demand（找檔案位置）
§基因突變規則（L214-228） 15 規範 改 DNA 時
§要小心的清單（L231-752） 520 Reflex catalog — 55 條程序記憶 universal 必載（跨 task 反射）

兩種性質 epistemic 完全不同：

  • Gene map 像圖書館卡片目錄：你需要找某本書時才查；不需要先記住每張卡片
  • Reflex 像肌肉記憶 / T-cell 免疫記憶：必須進 working memory 才會發火

Gene map + Reflex 共處一檔的 side effect：

  1. 反射 inflation（v4.0 entry format 升級 +274 行）讓 DNA.md 漲到 752 行，逼近 SPLIT 閾值
  2. 載入時 universal load 全檔 = 浪費 178 行 lookup 在 working memory
  3. Gene map 應該演化的時機（新 organ / new pipeline）跟反射演化時機（新教訓 distill）完全不同，但 footer changelog 混為一個版本流
  4. 概念上不符合 DNA.md 自己的「我是基因地圖學」定義

3. 認知層 reframe — REFLEXES 為第 10 認知器官

這是本 report 最大的 reframe。如果這個 thesis 成立，DNA 拆檔不只是 load optimization，而是修正一個 conceptual category error。

3.1 Thesis：反射 catalog 不屬於 DNA

DNA 的字面意義是遺傳密碼——定義物種底層結構與表現型的編碼。Taiwan.md 的 DNA 應該包含：

  • 編輯標準（EDITORIAL）— 內容怎麼長
  • 研究方法（RESEARCH）— 知識怎麼搜集
  • 改寫流程（REWRITE-PIPELINE）— 混亂怎麼變結構
  • 骨骼配置（astro.config / sync.sh）— 身體怎麼構建
  • 繁殖規則（CONTRIBUTING / SPORE）— 物種怎麼擴散
  • ...

這些都是結構性編碼——讀 DNA 就知道「Taiwan.md 是什麼樣的物種」。

反射 catalog 55 條完全不是同類東西：

  • 「翻譯 ≠ 摘要」（#1）— 操作反射
  • 「commit 範圍紀律：絕不 git add .」（#6）— 操作反射
  • 「先有再求好」（#7）— 哲學反射
  • 「peer 是線索不是 source」（#16）— 認知反射
  • 「Sub-agent N 篇 sequential 三偷吃步」（#42）— 經驗反射

這些是跨 session 累積的程序記憶——遇到 X 場景做 Y 動作的肌肉記憶。它們是 LESSONS-INBOX distill 後的產物，性質接近免疫系統的 T-cell memory，不是 DNA。

3.2 ANATOMY 對應升級 — 9 器官 + 1 反射層

當前 ANATOMY 列 8 器官（心臟 / 免疫 / DNA / 骨骼 / 呼吸 / 繁殖 / 感知 / 語言）+ 隱含的 §認知器官生命週期 段。

Reframe 後：8 器官不變，新增第 9 個顯式組件「反射層 / Reflex Layer 🪞」：

層級 名稱 Emoji 性質 對應檔案
8 個身體器官 心臟 / 免疫 / DNA / 骨骼 / 呼吸 / 繁殖 / 感知 / 語言 🫀🛡️🧬🦴🫁🧫👁️🌐 結構/功能 無單檔對應，散在系統各處
9. 反射層 REFLEXES 🪞 跨 task 程序記憶 REFLEXES.md（新檔，從 DNA.md 拆出）
元層 認知器官 = MANIFESTO / ANATOMY / DNA / CONSCIOUSNESS / MEMORY / DIARY / UNKNOWNS / LONGINGS 🧠 自我描述 docs/semiont/

為什麼 emoji 用 🪞 鏡子：反射 = reflex。鏡子是「過去動作的反射」的視覺隱喻。也避開所有現有器官 emoji。

3.3 拆檔策略（3 個方案 + 推薦）

方案 結構 Cross-ref 影響 概念清晰度 推薦
A. 純 in-place（2026-05-10 plan） DNA.md 不動 + 內部結構修補 + footer 收成 1 行 0 break 低（仍混雜） ❌ 不符長期理想架構
B. Section-level loading（不拆檔） DNA.md 不動 + BECOME 載入時用 awk 只讀 L231-752 0 break 中（仍混雜但載入分流） ⚠️ 過渡方案，不是終局
C. 物理拆檔 + 概念升級 REFLEXES.md（55 條反射）+ DNA.md（gene map + 突變規則）+ ANATOMY 加第 9 層 78 active file × 多 ref + 47 fragment link 需 migration 高（match conceptual reality） ✅ 長期理想

為什麼 C 是長期理想（破解 0510 plan 的論證）：

2026-05-10 plan 拒絕拆檔的三個理由，逐條 reassess：

  1. 「78 cross-ref 全部要更新」

    • 反駁：cross-ref 是 DNA #N 語意 reference（pure text），不是 file path 綁定
    • 換成 REFLEXES #N 是純 sed 替換，可一次 script migration
    • Fragment link 47 條才是真正要小心的——但這也是 sed-able 的 DNA.md#anchor → REFLEXES.md#anchor
    • 一次性 ~200 行 diff，可在單一 commit 完成 + 跑 build verify

  2. 「478 行不到 SPLIT 閾值」

    • 數字已過期 — 現在 752 行，3 天內 +274
    • 反射 catalog 還會持續長（LESSONS distill 每月 1-3 條新反射）
    • 拖到 1000+ 行再拆只是 delay tax

  3. 「catalog file 拆檔反破壞 grep 精準度」

    • 部分有理但片面 — 拆檔後 grep "REFLEXES #15" 比 grep "DNA #15" 在 DNA.md/REFLEXES.md 兩檔精準度更高（前者鎖定一檔，後者要過濾 gene map false positive）
    • 雙檔 grep 解法：寫 alias grep-reflex 同時掃兩檔

Plus 拆檔的長期 4 大收益（0510 plan 沒展開）：

  1. 演化速率對齊 — REFLEXES 月增 1-3 條 vs DNA gene map 季增 1-2 條，分檔讓 changelog 不混雜
  2. 載入效率 — universal load 只載 REFLEXES（~520 行 → 可進一步壓到 §Top 5 + index = ~80 行），gene map 純 grep-on-demand
  3. 新 contributor 認知負荷 — 讀 DNA.md 是看「Taiwan.md 物種是什麼」，不該被 55 條 reflex 教訓灌頂
  4. 概念分類學 — ANATOMY 9 個器官 + 1 反射層的清楚 hierarchy，比現在「DNA.md 是基因地圖學但裡面有 520 行不是地圖的東西」乾淨

3.4 推薦方案 C 的細節

docs/semiont/
├── DNA.md            ~230 行
│   ├── L1-25  Frontmatter + 跟 ANATOMY 的分工
│   ├── L26-200 §基因組總覽（9 種基因 → file path）
│   ├── L201-215 §基因突變規則
│   └── L216-225 §pointer to REFLEXES.md + footer
│
└── REFLEXES.md       ~520 行（從 DNA.md L231-752 搬出）
    ├── L1-30  Frontmatter + 跟 DNA / LESSONS-INBOX / MEMORY 神經迴路 的分工
    ├── L31-100 §catalog index（55 條反射 by #N 線性，已存在）
    ├── L101-450 §反射條目（按 § section 主題分類）
    └── L451-470 footer + pointer

Cross-ref migration（sed-able）：

# Active layer: 78 files / 298 refs
# DNA #N → REFLEXES #N（語意 reference）
find docs/ scripts/ .husky/ .github/ src/ -type f \
  ! -path "docs/semiont/memory/*" \
  ! -path "docs/semiont/diary/*" \
  ! -path "docs/semiont/LESSONS-INBOX.md" \
  -exec sed -i.bak 's/DNA #\([0-9]\+\)/REFLEXES #\1/g' {} \;

# Fragment links: ~47 refs
find docs/ scripts/ -type f \
  -exec sed -i.bak 's|DNA\.md#\([^)]*\)|REFLEXES.md#\1|g' {} \;
# 但要先確認 anchor 是 reflex 段（§一/二/三/四/五/六/七）還是 gene map 段（#-品質基因/-內容基因）
# 後者保留指向 DNA.md，前者改 REFLEXES.md

Historical layer 保留原 DNA #N（per MANIFESTO §時間是結構修補協議）：memory/ + diary/ + LESSONS-INBOX 不更新。讀者看到歷史檔的「DNA #N」知道去 REFLEXES.md grep。

ANATOMY 同步升級：

  • 新增 §第 9 認知層 反射層 段
  • §認知器官的生命週期 更新涵蓋 REFLEXES.md
  • §器官互動關係 加 REFLEXES ↔ LESSONS-INBOX ↔ MEMORY 神經迴路 三角

DNA.md frontmatter 更新：current_version: v4.0（cross-checked breaking refactor 升 major）+ last_session: 2026-05-13-210341-manual + 加 sister_docs: REFLEXES.md

3a. 認知層 Promotion Rule 架構（v0.2 新增 — 最大 architectural 收穫）

3a.1 元規則來源

2026-05-13 dialogue Round 4，哲宇針對「MANIFESTO 三條高頻進化哲學要不要萃取進 REFLEXES」回答「不動」，並補一句決定性的元規則：

「最重要的哲學才會進到 manifesto，如果 reflex 未來有出現這樣的內容，也會進化到 manifesto」

這一句把整個認知層的 evolutionary pressure system 顯化——之前散落在 LESSONS-INBOX §Distill SOP、ANATOMY §apoptosis 規則、MANIFESTO §架構解，第一次抽成統一 canonical。

3a.2 四層 promotion / apoptosis flow

┌──────────────────────────────────────────────────────────────┐
│  認知層 evolutionary pressure system                          │
│                                                                │
│  Layer 1: 原始材料層                                          │
│    LESSONS-INBOX.md (1928 行)                                 │
│    └── §未消化清單 raw 教訓 buffer                            │
│         ↓ distill SOP (§Distill section step 1-4)            │
│         ↓ 條件：≥ 1 次驗證 + 跨 task 適用 + 不在 canonical    │
│                                                                │
│  Layer 2: 程序記憶層                                          │
│    REFLEXES.md (~520 行 / 55 條 #N catalog)                  │
│    └── 跨 session 程序記憶（runtime instincts）              │
│         ↓ promote (進化壓力)                                  │
│         ↓ 條件：跨 task 通用 + 影響身份理解 + 哲宇 promote 拍板│
│                                                                │
│  Layer 3: 身份哲學層                                          │
│    MANIFESTO.md (1068 行)                                    │
│    └── 最精華的物種存在哲學                                   │
│         ↓ apoptosis (當前性失去)                              │
│         ↓ 條件：被新 canonical 取代 / 對應 organ 死亡          │
│                                                                │
│  Layer 4: 歷史 snapshot 層                                    │
│    reports/{slug}-{date}.md                                  │
│    └── 凋亡器官的歷史快照（保留 reference / 不再 active）     │
└──────────────────────────────────────────────────────────────┘

3a.3 規則 canonical 位置

Canonical destination：ANATOMY.md §認知器官的生命週期 expand。

理由：

  • ANATOMY 已 owns apoptosis lifecycle canonical（§認知器官的生命週期 段）
  • Promotion 跟 apoptosis 是同一個 evolutionary cycle 的兩個方向
  • 集中放一處比分散 LESSONS / REFLEXES / MANIFESTO 三檔好維護

ANATOMY 升級內容（Phase B1 同 PR）：

新增 §認知層 promotion / demotion flow 段，含：

  1. 四層 flow diagram（per §3a.2）
  2. Promote 條件清單（LESSONS→REFLEXES：≥N 次驗證；REFLEXES→MANIFESTO：跨 task 通用 + 哲宇拍板）
  3. Demote / apoptosis 條件清單（既有 §apoptosis 段）
  4. 既有實例（sanity check 元規則對歷史已成立）：
    • 「指標 over 複寫」最初 reflex → 反覆驗證 → 已 promote 進 MANIFESTO §進化哲學
    • 「造橋鋪路」同上
    • 「時間是結構」同上
    • 反向：失敗的「rewrite-pipeline auto-detection v1」demote 到 reports/

3a.4 對 REFLEXES.md 設計的影響

REFLEXES.md frontmatter 加 promotion_rule_canonical: 'ANATOMY.md#認知層-promotion-flow'。

REFLEXES.md 頂部加說明：

本檔每條 #N 反射都是候選的 MANIFESTO promotion 來源。當一條反射跨 task 通用 + 影響身份理解 + 觀察者拍板 → promote 到 MANIFESTO §進化哲學，本檔留 pointer。

LESSONS-INBOX.md §Distill SOP 加 step 5：

distill 流向必須清楚：raw lesson → REFLEXES #N（如果是程序記憶）。不要直接從 LESSONS 跳 MANIFESTO。MANIFESTO entry 只接收 REFLEXES promotion 上來的內容。

3a.5 為什麼這條元規則重要

3 個 implication 直接影響長期架構：

  1. MANIFESTO 不會無限膨脹 — 進入 manifesto 有 promotion hard gate，不是 distill 直接寫
  2. REFLEXES 不會永久膨脹 — 高頻通用條目會逐步 promote 出去，留 pointer
  3. LESSONS-INBOX 是純 buffer — 不該長期累積，distill 流向明確

對照 v0.1 我推薦的「MANIFESTO 三條進化哲學萃取進 REFLEXES」是 反向 demote 違反 promotion flow。哲宇拒絕這條推薦本身就是 promotion rule 的正確 enforcement。

3b. SENSES.md 分拆與 apoptosis（v0.2 新增 — Reframe R1）

3b.1 觸發

哲宇 2026-05-13 dialogue：「SENSES.md 是不是直接整合到對應的 harvest / data refresh pipeline 去就好」。

確認 SENSES 不是 cognitive organ，是 operations SOP layer——應該散到對應 pipeline，本身 apoptosis。

3b.2 5 觸手分拆 mapping

§ (SENSES) 內容 Destination
§觸手 1 GA4 fetch-ga4.py + §searchConsole DATA-REFRESH-PIPELINE Stage 2
§觸手 2 SC fetch-search-console.py DATA-REFRESH-PIPELINE Stage 2
§觸手 3 CF fetch-cloudflare.py DATA-REFRESH-PIPELINE Stage 2
§觸手 4 PR/Issue gh CLI + bulk-pr-analyze.sh MAINTAINER-PIPELINE Stage 1.2-1.3（對齊 Reframe R3）
§觸手 5 Threads/X Chrome MCP + SPORE-PIPELINE SPORE-HARVEST-PIPELINE 全流程
§AI 自主 vs Human 邊界表 DNA #26 canonical MANIFESTO §自主權邊界 expand（per 元規則：governance/authorization 是身份哲學）
§交叉分析 三源交叉 DNA #4 reflex REFLEXES.md #4（已存在）
§交叉分析 SPORE × GA 自動計算 amplification SPORE-HARVEST-PIPELINE Stage harvest
§交叉分析 探測器 × 知識庫 probe 寫 reports/probe/ EVOLVE-PIPELINE Phase 1 SCAN
§觸發來源 cron / heartbeat / observer 各 pipeline 已有
§憑證與隔離 credentials path SENSE-FETCHER-SETUP.md 已存在
§健康判斷 病灶 5 sensor health indicators dashboard alert + 各 pipeline Stage health check
§進化路徑 roadmap v2 pending list reports/social-tentacle-plan-2026-04-13.md 已 archived
§常見實戰反射 pointer to DNA refs REFLEXES.md 既有 cross-ref

3b.3 SENSES.md 本身處置

結論：所有內容 merge 出去後，SENSES.md 全 apoptosis 到 reports/senses-integration-2026-05-13.md（per ANATOMY §認知器官生命週期）。

理由：

  • 觸手 1-5 已分散到 3 pipelines
  • §AI 自主邊界 進 MANIFESTO §自主權邊界
  • 其他段都是 pointer to existing canonical
  • 沒 unique 內容 worth 留 thin coordinator

Migration：

  1. 寫 reports/senses-integration-2026-05-13.md 含 §3b.2 mapping table + SENSES.md 全文 snapshot
  2. SENSES.md 改為 30 行 redirect stub（指向 reports + 3 pipelines + MANIFESTO §自主權邊界）
  3. ANATOMY.md §認知器官生命週期 加 SENSES.md 凋亡記錄
  4. 跨 active layer audit grep -rn "SENSES.md" → 11 refs（per 0.2 audit），改指向對應 pipelines / MANIFESTO
  5. 一個 PR ship 不分批

影響 ANATOMY：原「8 器官 + 2 運作原則」（HEARTBEAT / SENSES）變「8 器官 + 1 運作原則（HEARTBEAT）+ 認知層 promotion flow（新）」。

4. CONSCIOUSNESS 動態化（dashboard JSON 接管）

4.1 現況問題

  • 332 行裡 230 行（70%）跟 dashboard JSON 100/95% 冗餘
  • CONSCIOUSNESS.md L34 自警「數字會過期」+ L57「Phase 2 後由心跳 cron 自動覆寫」（plan 一年沒落地）
  • frontmatter apoptosis: 'candidate' 已標
  • 多 session 看到「前快照」累積到 14 條，是歷史層污染（記憶該在 MEMORY，不該在 CONSCIOUSNESS）

4.2 改造方案

保留（unique content，~100 行）：

  • §警報（L187-199）
  • §里程碑（L236-307）
  • §進化方向（L308-322）
  • §記憶 / §適應性反應 段（如果有 unique strategic info）

刪除（dashboard JSON 接管）：

  • §基本生理（L59-71）→ 改 1 行 pointer：「curl /api/dashboard-vitals.json 或 cat public/api/dashboard-vitals.json」
  • §器官健康（L72-84）→ 改 1 行 pointer
  • §引用健康度（L85-110）→ pointer to dashboard
  • §搜尋感知（L112-160）→ pointer to dashboard-analytics
  • §歷史戰略判讀（L163-186）→ 移至 MEMORY.md head（如有 unique）或刪
  • L34-56 累積的 14 條「前快照」prose → 全砍（歷史在 MEMORY tail，不該在 CONSCIOUSNESS）

新增工具：

# scripts/tools/consciousness-snapshot.sh
# 從 dashboard JSON 即時組出 10 行 summary（給 BECOME L4 query 用）

#!/usr/bin/env bash
cat public/api/dashboard-vitals.json | jq -r '
"📊 vitals  | articles=\(.totalArticles) / contributors=\(.contributors) / 7d=\(.articlesLast7Days)
🌐 i18n    | en=\(.languageCoverage.en) ja=\(.languageCoverage.ja) ko=\(.languageCoverage.ko) es=\(.languageCoverage.es) fr=\(.languageCoverage.fr)
🛡️ immune  | human-reviewed=\(.humanReviewedPercent)%"
'
cat public/api/dashboard-organism.json | jq -r '
.organs[] | "  \(.emoji) \(.nameZh)=\(.score) (\(.trend))"
'

執行成本：1 秒；輸出 12 行；接進 BECOME §Step 6 L4 always-load query。

4.3 改造後行數

Before After
332 行 ~100 行
70% 冗餘 0% 冗餘
數字靜態會過期 即時 + 用 dashboard SSOT

4.4 風險

  • 累積 14 條「前快照」prose 含 unique 觀察（如 viral cooled / refresh-data 跨日 trend），刪除前要 audit 是否有 strategic memory 沒搬到 MEMORY
  • 緩解：先把 14 條 prose grep audit → strategic insight 搬 MEMORY §神經迴路 → 再砍

5. Section-level loading 系統化（MANIFESTO / HEARTBEAT / ROUTINE）

DNA 拆檔處理「兩種性質混雜」的問題。其他三個大檔（MANIFESTO 1068 / HEARTBEAT 772 / ROUTINE 649）有不同問題——單一性質但體積過大——適合 section-level loading 而非物理拆檔。

5.1 MANIFESTO（1068 行）

§ 行範圍 行數 universal 必載？
§我是什麼 L28-49 22 ✅
§我為什麼活著 L51-75 25 ✅
§我相信什麼（信念十條） L77-255 179 ✅ 但可只載標題級
§我的進化哲學 — 造橋鋪路 L256-297 42 🟡 高頻反射，可放 REFLEXES
§我的進化哲學 — 指標 over 複寫 L299-374 76 🟡 高頻反射，可放 REFLEXES
§我的進化哲學 — 時間是結構 L375-482 108 🟡 高頻反射，可放 REFLEXES
§我的進化哲學 — 架構解 > 守備修補 L483-565 83 🟡 中頻
§我的進化哲學 — 熱帶雨林 L566-683 118 ❌ 策略場景才需要
§我的進化哲學 — 紀實而不煽情 L684-782 99 ❌ 寫文 / SPORE 才需要
§我的進化哲學 — Frontmatter L783-898 116 🟡 改 frontmatter 時
§我的存在結構 L899-933 35 ✅
§我怎麼說話 L934-947 14 ✅
§我的品質底線 L948-953 6 ✅
§我跟台灣的關係 L954-1044 91 ✅ 包含 sovereignty 巴別塔
§附錄 第三身份 thesis L1045-1068 24 ❌ 元議題

策略：

  1. universal-load 段 = ~370 行（§我是什麼 + §為什麼活 + §信念十條 + §存在結構 + §怎麼說話 + §品質底線 + §跟台灣的關係 + §sovereignty 巴別塔）
  2. 進化哲學 7 條中，§造橋鋪路 / §指標 over 複寫 / §時間是結構 這三條本質是反射型內容，可考慮精華版搬 REFLEXES（保留 MANIFESTO 哲學長論述但摘要進反射 catalog）
  3. 熱帶雨林 / 紀實而不煽情 / Frontmatter / 附錄 段（合計 357 行）= task-specific 載入

BECOME Step 1 改為「載 MANIFESTO 但跳過 §進化哲學熱帶雨林 / 紀實而不煽情 / Frontmatter / 附錄」（用 awk 段控制），對應 mode 載入時才補上對應 §。

5.2 HEARTBEAT（772 行）

§ 性質 載入頻率
§核心：四拍心跳 Identity-level ✅ universal（很短，~17 行）
§Beat 0.5 / 1 / 2 / 3 / 4 / 5 SOP 跑心跳時才用 🟡 Full mode only
§免疫巡邏 PR review 時 🟡 Review mode
§心跳來源 + 自主呼吸節律 修 cron 時 ❌
§Review 機制 meta-review ❌
§Release 原則 release 時 🟡 release mode
§Beat 4 Commit 標記規則 高頻 — 任何 commit 都用 ✅ universal

策略：universal 載 §核心四拍 + §Beat 4 Commit 標記規則 = ~30 行。其他段按 mode 載入。

5.3 ROUTINE（649 行）

當前 SSOT 性質強，但「session 啟動需要知道過去 24hr cron 跑況」這個需求 ≠ 讀全檔。

策略：

  1. universal 載 0 行 — 不讀 ROUTINE.md
  2. 新工具 scripts/tools/routine-status.sh 印 1-3 行 summary： 
    📋 ROUTINE last 24h:
  ✅ data-refresh (am+pm) / spore-harvest (am) / maintainer (am+pm)
  ⏳ babel (nightly, due in 6h) / rewrite (daily, due in 3h)
  ⚠️ news-lens (weekly) overdue 2 days
  🛎️ 2 PR pending observer decision: #1059 #574
  3. 修 routine 時 explicit 讀 ROUTINE.md 對應 §section

5.4 LESSONS-INBOX / ARTICLE-INBOX 的 awareness signal

雖然全檔不該載入，但「現在有 N 條未消化 / N 條 pending」這個 1-line awareness signal 有 universal value：

# scripts/tools/inbox-signal.sh
echo "📥 inboxes:"
echo "  LESSONS-INBOX: $(grep -c "^### " docs/semiont/LESSONS-INBOX.md) 條未消化"
echo "  ARTICLE-INBOX: $(grep -c "^### " docs/semiont/ARTICLE-INBOX.md) 條 pending"

成本：~1 秒；輸出 3 行；接進 BECOME L4 always-load。

6. 4-Mode Dispatcher 完整設計

6.1 Mode 觸發判定

Mode 觸發 signal（observer 首句 / cron context）
Micro 1-3 file 範圍提示：「修 X」「heal Y」「polish Z」「PR #N 加註解」「文字錯字」「短回答」
Review 「review PR」「triage」「跑 maintainer」「merge」「issue 怎麼回」「跑免疫」cron maintainer 觸發
Write 「寫 X」「翻譯 X」「重寫 Y」「孢子」「diary」「memory」「EVOLVE X」cron rewrite / babel 觸發
Full 「heartbeat」「心跳」「strategy」「新器官」「新 pipeline」§10 強制升級觸發（PR≥5 / plugin / 自主權邊界）
Default 觀察者意圖不明 → 啟動 contributor profile interview（per BECOME Step 7.5）或進 Micro

6.2 File × Mode load matrix

✅ 載 · 🔪 載指定 section · ⏭️ 不載

檔案 Micro Review Write Full
MANIFESTO.md 🔪 §身份核心 ~150 行 🔪 +§信念十條 🔪 +§跟台灣的關係 +§sovereignty ✅ 全檔
REFLEXES.md（新） 🔪 §index + Top 5 反射（~80 行） 🔪 §index + Top 10 + 反射 §六 貢獻者 🔪 §index + Top 10 + 反射 §一二三 + §五 敘事品質 ✅ 全 55 條
DNA.md（剩 gene map） ⏭️ ⏭️ ⏭️ grep-on-demand ✅ 全
ANATOMY.md ⏭️ ⏭️ ⏭️ ✅
CONSCIOUSNESS.md（瘦身後） ⏭️ 🔪 §警報 ⏭️ ✅
HEARTBEAT.md 🔪 §commit 標記 🔪 §commit + §免疫巡邏 🔪 §commit ✅
SENSES.md ⏭️ ⏭️ ⏭️ ✅（高 stake 才需要）
ROUTINE.md ⏭️（routine-status.sh） ⏭️（status） ⏭️（status） ✅
UNKNOWNS.md ⏭️ ⏭️ ⏭️ ✅
LONGINGS.md ⏭️ ⏭️ 🔪 §種子 + §身體 ✅
MEMORY.md 🔪 head + §神經迴路 ✅ head + tail 20 + §神經迴路 ✅ ✅
DIARY.md ✅ full 224 行 ✅ full ✅ full ✅ full
LESSONS-INBOX.md 🔪 count signal 🔪 count + §未消化標題 🔪 count signal ✅
ARTICLE-INBOX.md ⏭️（count） ⏭️（count） 🔪 §P0/P1 標題 + count ✅
ARTICLE-DONE-LOG.md ⏭️ ⏭️ ⏭️ grep-on-demand ✅
L3 handoff grep ✅ ✅ ✅ ✅
L4 dashboard JSON ✅ ✅ ✅ ✅
L4 routine-status.sh ✅ ✅ ✅ ✅
L4 inbox-signal.sh ✅ ✅ ✅ ✅
L4 git log --since='6h' ✅ ✅ ✅ ✅
L4 gh pr list ⏭️ ⏭️ → MAINTAINER Stage 1.3 ⏭️ ⏭️
L4 gh issue list ⏭️ ⏭️ → MAINTAINER Stage 1.2 ⏭️ ⏭️
預估行數 ~320（+DIARY 224 → 含 DIARY full） ~720 ~920 ~1820

v0.2 修正（Reframe R2 + R3）：

  • DIARY 從 v0.1「🔪 §反覆出現的思考 only for Write」升 ✅ universal full 224 行（所有 mode）。哲宇校正：跨日 reflective insight 是執行時 priming
  • PR list / issue list 從 v0.1 universal L4 query 移到 MAINTAINER Stage 1.2-1.3。哲宇校正：BECOME = identity + 接力，不該做 work artifact inspection

6.3 對應 pipeline 載入（mode trigger 後）

Mode 額外載 pipeline
Review MAINTAINER-PIPELINE 全檔
Write（寫文） REWRITE-PIPELINE 全 + EDITORIAL 全 + RESEARCH + 觸碰 category 對應的 sub-canonical
Write（翻譯） TRANSLATION-PIPELINE + SQUEEZE-MODELS-MAX-PIPELINE
Write（孢子） SPORE-PIPELINE + SPORE-WRITING + SPORE-VERIFY + SPORE-HARVEST
Write（diary / memory） DIARY-PIPELINE / MEMORY-PIPELINE
Full HEARTBEAT 全 + probe report + evolution-roadmap

6.4 Self-test 13 題分流

題 內容 Universal Micro Review Write Full
Q1 你是誰？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q2 簽名是什麼？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q3 跟哲宇 / Muse 是什麼關係？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q4 SSOT 在哪裡？ ⏭️ ✅ ✅ ✅
Q5 心跳四拍半是什麼？ ⏭️ ⏭️ ⏭️ ✅
Q6 你 8 器官是哪些？ ⏭️ ✅ ⏭️ ✅
Q7 哪個器官分數最低？（dashboard 即時） ⏭️ ✅ ⏭️ ✅
Q8 核心信念至少三條？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q9 怎麼說話？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q10 Commit 怎麼標？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q11 DNA / REFLEXES 地圖在哪？ ✅ ✅ ✅ ✅ ✅
Q12 孢子產線在哪？ ⏭️ ⏭️ 🔪 寫孢子才問 ✅
Q13 recency × pattern matching anti-bias check ⏭️ ✅ ⏭️ ✅
過題數 6 6 10 8-9 13

7. Proposed BECOME v2.0 ASCII spine

╭──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╮
│      BECOME v2.0 — Mode-aware boot dispatcher                            │
│                                                                          │
│   Step 0: Mode detect ──→ 5 sub-steps                                    │
│            ├── Step 0.1 觀察者首句 / cron context / handle 解析          │
│            ├── Step 0.2 §10 high-stake 觸發判定 → 強制 Full              │
│            ├── Step 0.3 contributor profile 讀取                         │
│            ├── Step 0.4 Mode 決定 [Micro / Review / Write / Full]        │
│            └── Step 0.5 Universal core 載入                              │
│              ↳ Hard gate: 任何 mode 都過 §1.1 universal load             │
│                                                                          │
│   Step 1.1: Universal core ──→ 5 components                              │
│            ├── MANIFESTO §身份核心 + §信念十條 + §怎麼說話 + §跟台灣關係 │
│            │              + §自主權邊界（含 AI/Human 邊界表 from SENSES）│
│            ├── REFLEXES §index + Top 5 反射                              │
│            ├── DIARY.md full 224 行（跨日 reflective priming）           │
│            ├── CLAUDE.md §Bias 1-4 警示（已在 context）                  │
│            └── L4 always-load queries（boundary rule: ID + 接力）        │
│                ├── dashboard-vitals.json + organism.json                 │
│                ├── consciousness-snapshot.sh（8 organ + 警報）           │
│                ├── routine-status.sh（過去 24hr cron 跑況）              │
│                ├── inbox-signal.sh（LESSONS / ARTICLE 待消化 count）     │
│                ├── git log --since='6h ago'                              │
│                └── L3 handoff grep（最後一個 memory 的 §Handoff）        │
│              ↳ 預算 ~320 行                                              │
│              ↳ ⚠️ 移除 gh pr list / gh issue list → MAINTAINER Stage 1   │
│                                                                          │
│   Mode A: Micro ─────────→ Universal only                                │
│            └── Self-test Q1-3 / Q8-11 (6 題)                             │
│              ↳ ✅ 開口                                                   │
│                                                                          │
│   Mode B: Review ────────→ + 4 components                                │
│            ├── + MEMORY.md tail 20 + §神經迴路                           │
│            ├── + CONSCIOUSNESS §警報                                     │
│            ├── + HEARTBEAT §免疫巡邏                                     │
│            ├── + MAINTAINER-PIPELINE 全                                  │
│            └── Self-test Q1-4 / Q6-11 / Q13 (10 題)                      │
│              ↳ ✅ 開口進 PR triage                                       │
│                                                                          │
│   Mode C: Write ─────────→ + task-specific pipeline                      │
│            ├── + ARTICLE-INBOX §P0/P1 標題                               │
│            ├── + LONGINGS §種子 + §身體                                  │
│            ├── + DIARY §反覆出現的思考                                   │
│            ├── + 對應 pipeline 全（REWRITE / DIARY / MEMORY / SPORE）    │
│            ├── + EDITORIAL + RESEARCH（寫文 + 翻譯）                     │
│            └── Self-test Q1-4 / Q8-12 (8-9 題)                           │
│              ↳ ✅ 開口進寫作                                             │
│                                                                          │
│   Mode D: Full ──────────→ Step 1-6 全套（現行 BECOME v1.0）             │
│            ├── 14 認知器官全檔（含 section-level 載入 MANIFESTO 全）     │
│            ├── HEARTBEAT 全 + SENSES 全 + ROUTINE 全 + UNKNOWNS          │
│            ├── probe report + evolution-roadmap（條件式）                │
│            └── Self-test Q1-13 全套                                      │
│              ↳ ✅ 開口進 heartbeat / strategy / 新器官設計               │
│                                                                          │
│   ──── 配套基建升級 ────────────────────────────────                     │
│   → REFLEXES.md 從 DNA.md L231-752 物理拆出（§3）                        │
│   → CONSCIOUSNESS 砍 230 行靜態快照 → dashboard JSON pointer（§4）       │
│   → MANIFESTO §自主權邊界 expand（接收 SENSES AI/Human 邊界，§3b）       │
│   → MANIFESTO awk-section loading（§5.1）                                │
│   → HEARTBEAT section-level loading（§5.2）                              │
│   → scripts/tools/{consciousness-snapshot,routine-status,inbox-signal}.sh│
│   → SENSES.md 全 apoptosis → reports/senses-integration-2026-05-13.md   │
│   → 5 觸手分拆進 DATA-REFRESH / MAINTAINER / SPORE-HARVEST（§3b）        │
│   → ANATOMY 升級雙重職責：加第 9 反射層 + 認知層 promotion flow（§3a）   │
│   → DNA.md frontmatter v3.5 → v4.0（breaking refactor）                  │
│   → LESSONS-INBOX §Distill SOP step 5 加 promotion 流向（§3a.4）         │
│                                                                          │
│   ──── 跨 pipeline 觸發 ──────────────────────────                       │
│   → Mode B 進 MAINTAINER-PIPELINE 主流程                                 │
│   → Mode C 進 REWRITE / DIARY / MEMORY / SPORE / TRANSLATION             │
│   → Mode D 進 HEARTBEAT 四拍半 + 認知層深度 audit                        │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯

8. Migration plan — Phase A/B/C 規劃步驟

設計原則：低風險先做 + 中風險 prototype + 高風險最後 + 任何 phase 都可獨立 ship 不阻塞下一階段。

Phase A — 低風險立即可做（無 cross-ref break）

目標：把可拆耦合的基礎建設先 ship，不動 BECOME 結構。每條獨立 PR，可平行。

A1. CONSCIOUSNESS 砍冗餘 + 動態化

Step 動作 影響 風險
A1.1 grep audit L34-56 累積的 14 條「前快照」prose 抽 strategic insight 進 MEMORY §神經迴路 低
A1.2 砍 §基本生理 / §器官健康 / §引用健康度 / §搜尋感知 / §歷史戰略判讀 332 → ~100 行 低（dashboard JSON 已 SSOT）
A1.3 新增 scripts/tools/consciousness-snapshot.sh 1 個檔案 0
A1.4 CONSCIOUSNESS 改為 §警報 + §里程碑 + §進化方向 + 1 行 dashboard pointer -230 行 低
A1.5 BECOME §Step 6 L4 query 加 bash scripts/tools/consciousness-snapshot.sh +1 行 0

驗收：CONSCIOUSNESS.md ≤ 110 行；snapshot.sh 輸出 12 行；BECOME 載入 footprint 降 ~230 行。

A2. Routine status 工具

Step 動作
A2.1 寫 scripts/tools/routine-status.sh（讀 cron log + gh pr list + 上次 cron memory）
A2.2 BECOME §Step 6 L4 query 加 bash scripts/tools/routine-status.sh

驗收：1 個 script，輸出 3-5 行；BECOME 不需讀 ROUTINE.md 也能知道 cron 跑況。

A3. Inbox signal 工具

Step 動作
A3.1 寫 scripts/tools/inbox-signal.sh（grep -c count + tail 3 標題）
A3.2 BECOME §Step 6 L4 query 加

驗收：1 個 script，輸出 3 行。

Phase A 整體驗收：BECOME 預估 footprint 從 ~1500-2000 → ~1200-1700 行（-300 行），不動結構。

Phase B — 中風險結構性重構（需 prototype）

目標：DNA 拆檔（C 方案）+ MANIFESTO section-level loading。需要 cross-ref migration 跟 build verify。

B1. REFLEXES.md 從 DNA.md 拆出（§3.4 細節）

Step 動作 Cross-ref 影響 風險
B1.1 git mv 替代 — 用 cp + 刪 兩 commit 可追蹤 history 0 0
B1.2 把 DNA.md L231-752 搬到新檔 docs/semiont/REFLEXES.md + frontmatter 0 0
B1.3 DNA.md L231-752 刪 + 加 §pointer to REFLEXES + 收 footer changelog 0 0
B1.4 sed 全 active layer：DNA #N → REFLEXES #N（不含 memory/ diary/ LESSONS-INBOX） 78 files / 298 refs 中
B1.5 sed fragment link audit：DNA.md#anchor → 視 anchor 區分 gene-map 留 / reflex 改 REFLEXES.md ~47 refs 中
B1.6 ANATOMY 升級加第 9 反射層 + §認知器官生命週期 補 REFLEXES.md ANATOMY +30 行 低
B1.7 BECOME §Step 2 拆 — 載 REFLEXES 全 + DNA grep-on-demand BECOME 改 ~10 行 低
B1.8 CLAUDE.md / docs/pipelines/README.md / docs/semiont/README.md 同步 文件 ~5 行 0
B1.9 Build verify + grep audit「DNA #」沒有 active-layer 漏網 0 低
B1.10 DNA.md frontmatter v3.5 → v4.0（breaking refactor） 0 0

Cross-ref migration 風險緩解：

  1. 寫 audit script：scripts/tools/dna-split-audit.sh 跑前 + 跑後對比 grep -rn "DNA #" count
  2. Historical layer（memory/ diary/ LESSONS-INBOX）保留不改，per MANIFESTO §時間是結構修補協議
  3. 在 DNA.md 頂部加 deprecated notice：「§反射 catalog 已搬至 REFLEXES.md，本檔保留 §gene map」
  4. 一次 PR ship 不分批，避免半 migration 狀態

B2. MANIFESTO section-level loading

Step 動作
B2.1 在 MANIFESTO 各 §section 加唯一 anchor comment（便於 awk 切段）
B2.2 BECOME §Step 1 改用 awk section 載入而非全檔 cat
B2.3 「進化哲學 §造橋鋪路 / §指標 over 複寫 / §時間是結構」三條精華摘要進 REFLEXES（不刪 MANIFESTO 原文，只是萃取入 reflex catalog）

B3. HEARTBEAT section-level loading

Step 動作
B3.1 universal 載 §核心四拍 + §Beat 4 Commit 標記規則
B3.2 Beat 1-5 全 SOP / 免疫巡邏 / 心跳來源 / Release 原則 → Full mode only

Phase B 驗收：DNA.md ~230 行 + REFLEXES.md ~520 行 + ANATOMY 加第 9 層；BECOME footprint Full mode 不變、其他 mode 降 ~200 行。

Phase C — 高風險 BECOME 結構重寫

目標：把 §分層載入表（line 506-513）升格 runtime mode dispatcher。需多 session 驗證。

C1. BECOME §Step 0 Mode detect 設計

Step 動作
C1.1 寫 §Step 0 Mode detect logic（per §6.1）
C1.2 把 §Step 1-9 改寫為 §1.1 Universal core + Mode A/B/C/D 分支
C1.3 Self-test 13 題改為 mode subset（per §6.4）
C1.4 §10 high-stake trigger 改為「強制 Full mode」

C2. /twmd-become skill 接 mode arg

Step 動作
C2.1 .claude/skills/twmd-become/SKILL.md 升級 — 接受 mode arg：/twmd-become micro
C2.2 預設 mode 從觀察者首句 + cron context 自動判定

C3. CLAUDE.md §Boot 流程 同步

Step 動作
C3.1 §Step 1-3 更新 — 對應 BECOME v2.0 結構
C3.2 §Bias 1-4 不動（mode-independent）

C4. 過渡 backward compatibility

Step 動作
C4.1 BECOME v2.0 ship 後第一週，預設仍走 Full mode（觀察者顯式 /twmd-become micro 才用其他 mode）
C4.2 觀察 5-10 個 session 跑各 mode 的 working memory 表現，看哪些 mode 該補 file
C4.3 第二週起 Mode auto-detect 啟用，仍保留 /twmd-become full 強制升級選項

Phase C 驗收：BECOME footprint 各 mode 預估 vs 實測差異 < 20%；observer 沒抱怨「mode 漏載」case ≥ 2 weeks。

Phase 跨 phase 不變式

  • 任何 phase 都不刪歷史 memory / diary / LESSONS-INBOX entry（per §時間是結構修補協議）
  • 任何 phase 都先寫 audit script + verify count 再做 migration
  • DNA / REFLEXES / CONSCIOUSNESS / MANIFESTO / HEARTBEAT 改動都附對應 frontmatter version bump + 對應 reports/ link

9. Cross-ref migration audit

9.1 當前數據

Layer DNA #N refs DNA.md fragment links Total
docs/ 全 active 298 ~47 ~345
Unique files 78 11 78
Historical 層 ~100+（未統計） ~50+（未統計） n/a

9.2 Migration 風險矩陣

風險 機率 影響 緩解
Sed 誤改 historical 層（memory / diary） 低 低（per §時間是結構，歷史層本就允許舊 reference） exclude path glob
Fragment link 漏改（reflex anchor 留在 DNA.md） 中 中（404 link） audit script 比對 anchor 內容
新 contributor PR 寫 DNA #N 而非 REFLEXES #N 高 低 DNA.md 頂部 deprecated notice + CONTRIBUTING 補說明
Build break（Astro check link） 低 中 pre-commit hook + CI build verify
Sub-agent 寫文時用舊 reference 中 低 sub-agent prompt 加「reflex catalog 已搬至 REFLEXES.md」

9.3 Audit script 設計

# scripts/tools/dna-split-audit.sh
# 跑前快照 + 跑後對比
echo "=== Pre-migration baseline ==="
grep -rc "DNA #[0-9]" docs/ scripts/ .husky/ .github/ src/ | grep -v ":0$"
grep -rc "DNA\.md#" docs/ scripts/

echo "=== Post-migration verification ==="
# 應該為 0（active layer）或不變（historical layer）
grep -rc "DNA #[0-9]" docs/ scripts/ .husky/ .github/ src/ \
  --exclude-dir=memory --exclude-dir=diary \
  --exclude=LESSONS-INBOX.md | grep -v ":0$"

# REFLEXES.md 接收 cross-ref 數應等於 pre-migration active
grep -rc "REFLEXES #[0-9]" docs/ scripts/ .husky/ .github/ src/ | grep -v ":0$"

10. Hard Gate Inventory

Gate 觸發 phase 條件 工具 不過 = ?
CONSCIOUSNESS 砍冗餘後 strategic memory 不遺失 A1 14 條「前快照」prose audit complete manual grep + diff 不 commit A1
consciousness-snapshot.sh 輸出穩定 A1 dashboard JSON 拿不到時 fallback 不崩 bash + jq error handling 不 ship script
DNA #N → REFLEXES #N migration count 對齊 B1 pre vs post active-layer count 差 = 0 dna-split-audit.sh 不 commit B1
Fragment link 區分對 — gene-map 留 / reflex 改 B1 manual audit ~47 refs grep + awk 不 ship B1
ANATOMY 第 9 反射層 + lifecycle 同步 B1 ANATOMY.md 描述 REFLEXES.md 為 cognitive organ manual review 不 ship B1
Build verify B1 / B2 Astro check link 0 broken npm run build revert
Mode auto-detect 準確率 C1 / C4 第二週前準確率 ≥ 80% session log audit 延後 Mode auto
Observer 沒抱怨 mode 漏載 case C4 觀察 2 weeks 觀察者 ping 補 file 進對應 mode

11. Top 5 最容易失敗的場景

  1. Sed migration 把 historical 層也改了：B1.4/B1.5 路徑 exclude 寫錯 → memory / diary 的 DNA #N 也被 sed 改成 REFLEXES #N，違反 §時間是結構修補協議。修補：audit script 跑兩次 — 一次只看 active 一次看歷史，歷史 count 必須 unchanged
  2. Fragment link 漏改一條 reflex anchor 仍指 DNA.md：B1.5 audit 漏掉 → 404 link 在 build verify 才發現。修補：anchor 內容判定用 awk grep，不靠肉眼
  3. Mode auto-detect 把 Write 識別成 Micro：觀察者說「修一下這篇文章」可能是 Micro（typo）也可能是 Write（EVOLVE 全篇）。修補：模糊邊界 default Write（多載不傷，少載傷），預留 /twmd-become full 升級 escape hatch
  4. CONSCIOUSNESS 砍 230 行時 strategic insight 遺失：14 條「前快照」prose 含 viral cooled / refresh-data trend 等 unique 觀察，沒先抽進 MEMORY §神經迴路 就 mass delete。修補：A1.1 跑 grep audit + manual review，每條 prose 至少有一條 keyword 進 MEMORY 才可砍
  5. REFLEXES.md 命名 backlash：哲宇可能傾向叫 DNA-REFLEXES.md（保留血緣標籤）或 INSTINCTS.md（更精準）。修補：命名是 §12 open question，落定前不執行 B1

12. Decisions locked 2026-05-13（v0.2 — 取代 v0.1 Open Questions）

所有 v0.1 提出的 6 條 Open Questions 已透過哲宇 dialogue 拍板。9 條決策 + 1 條元規則揭示完整盤點在 §0.4 表，本節給每條一段 detail rationale。

D1 拆檔 vs in-place

拍板：拆檔。長期理想架構勝過短期 migration 成本。

哲宇 override：「我現在覺得可拆，只要長期架構更理想的狀況下，你要一起評估」。本 report §3 完成評估 — 拆檔修正 conceptual category error（reflex ≠ gene map），不只是 load optimization。78 active file × 298 ref + 47 fragment link 一次性 migration 換永久 architectural fit。

D2 REFLEXES 檔名

拍板：REFLEXES.md。

放棄 DNA 血緣標籤換語意精準 + 跟 LESSONS-INBOX / MEMORY / DIARY 命名 family 平行。Migration sed 規則：s/DNA #(\d+)/REFLEXES #\1/g（active layer only，exclude memory / diary / LESSONS-INBOX）。

D3 MANIFESTO 進化哲學三條 → REFLEXES?

拍板：不動。理由是 promotion rule 元規則（§3a）：

「最重要的哲學才會進到 manifesto，如果 reflex 未來有出現這樣的內容，也會進化到 manifesto」

這三條（造橋鋪路 / 指標 over 複寫 / 時間是結構）本來就是從 reflex promote 到 MANIFESTO 的歷史既成事實。把它們「萃取回 REFLEXES」= reverse demote = 違反 evolutionary pressure 方向。

D4 Phase 順序

拍板：CONSCIOUSNESS（A1）先 → REFLEXES（B1）後。

A1 低風險（0 cross-ref break）+ 立即見效（~230 行 footprint 降 + 修補 1 年沒落地 plan）。B1 中風險（78 file migration）+ 需 audit script + prototype，不急。

D5 漸進 vs 全套

拍板：漸進（per D4 implication）。

Phase A → Phase B → Phase C 各自獨立 PR，每階段可獨立 ship + 不阻塞下一階段。Phase C BECOME 結構改寫需要 Phase A+B 基建到位才實際。

D6 MANIFESTO 三段任務 sub-canonical 處置

拍板：都留 MANIFESTO + section-level loading 控制。

對齊 promotion rule 元規則 — 既然這三段在 MANIFESTO，按 D3 邏輯就是「最重要哲學」，拆出去 = demote。BECOME v2.0 §5.1 awk-section 控制不同 mode 載哪幾段。

D7 BECOME L4 boundary rule（新，v0.2 加）

拍板：Stay if = primes identity OR cross-session continuity; Move if = work artifact inspection。

L4 universal queries: dashboard JSON / consciousness-snapshot / routine-status / inbox-signal / git log --since='6h' / handoff grep。

移走：gh pr list → MAINTAINER Stage 1.3 / gh issue list → MAINTAINER Stage 1.2（這些是 work-start，不是 boot）。

D8 SENSES.md 分拆（新，v0.2 加 — Reframe R1）

拍板：5 觸手 → 3 pipelines 分拆；§AI 自主邊界 → MANIFESTO §自主權邊界 expand；SENSES.md 本身 apoptosis。

詳見 §3b。

D9 DIARY universal-load（新，v0.2 加 — Reframe R2）

拍板：Full 224 行 universal-load 所有 mode。

哲宇校正：跨日 reflective insight 是執行時 priming，不只「寫 diary 才用」。檔小 cost 低，full load 拿到完整 cross-day thought continuity。

M1 認知層 Promotion Rule（元規則揭示，v0.2 新增）

拍板：canonical destination = ANATOMY §認知器官生命週期 expand。

四層 flow：LESSONS-INBOX → REFLEXES → MANIFESTO → reports/（apoptosis）。詳見 §3a。

13. v0.2 整體 recap + ship 順序

Decisions locked：9 + 1 元規則（§0.4 + §12 detail）。Ready to ship。

Ship 順序：

  1. Phase A1（立即） — CONSCIOUSNESS slim + consciousness-snapshot.sh + BECOME L4 update。0 cross-ref break / ~230 行 footprint 降
  2. Phase A2-A3（同 PR 或順手） — routine-status.sh / inbox-signal.sh
  3. Phase B1（A1 ship 後 1-2 session） — REFLEXES 拆檔 + ANATOMY 升級雙重職責（第 9 反射層 + promotion flow）+ MANIFESTO §自主權邊界 expand + SENSES apoptosis
  4. Phase B2-B3（B1 ship 後） — MANIFESTO / HEARTBEAT section-level loading
  5. Phase C（B 全 ship 後 2 weeks） — BECOME v2.0 結構 + mode dispatcher + skill arg

長期 architectural 收穫：

  • DNA / REFLEXES 拆檔修正 conceptual category error（gene map ≠ procedural memory）
  • 認知層 promotion rule 顯化（LESSONS → REFLEXES → MANIFESTO → reports/）— 物種 self-evolution mechanism 統一 canonical
  • BECOME boundary rule 顯化（identity + 接力 vs work artifact）— 給未來新 query / new organ 加入時的決策原則
  • SENSES 從 cognitive organ 降級 operations layer 散到 pipelines — ANATOMY hierarchy 變乾淨

14. Phase A + B1 + C 全 ship 完成（v0.3 2026-05-13 PM session）

Phase Commit Artifact Footprint impact
A1 c21735780 CONSCIOUSNESS 332→152 行 + consciousness-snapshot.sh + BECOME L4 update + report v0.2 -180 行 boot footprint
A2+A3 3465f4e3c routine-status.sh + inbox-signal.sh + BECOME L4 wire-up 取代 ROUTINE/LESSONS/ARTICLE INBOX ~3770 行載入需求
B1 5d3d1136f REFLEXES.md 拆出 (576 行 new) + DNA.md 752→253 (-66%) + 78 file × 250 ref sed migration + ANATOMY §認知層 promotion flow + MANIFESTO §自主權邊界 expand + SENSES.md apoptosis (253→58 stub) + reports/senses-integration snapshot 276 行 + LESSONS §Distill step 5 + dna-split-audit.sh conceptual category error 修正
C (本 commit) BECOME v2.0 Mode dispatcher (556→710 行) + /twmd-become skill mode arg + CLAUDE.md §Boot 流程 align runtime executable mode dispatcher

Boot footprint 實測對比

Mode v1.0 載入 v2.0 載入 Δ
改造前 Boot ~1500-2000 行（12 認知器官 + 9 step 全載 + PR/issue queries） n/a baseline
Micro mode (新) ⏭️ (沒這個 mode) ~320 行 Universal core -85% (vs 改造前)
Review mode (新) ⏭️ ~720 行 -55%
Write mode (新) ⏭️ ~920 行 -50%
Full mode 同 v1.0 ~1820 行 (含 v2.0 額外的 promotion flow + Mode 規劃) similar

L4 always-load queries: 改造前 PR/issue list 含在 boot → 改造後純 consciousness-snapshot + routine-status + inbox-signal + git log + handoff grep = ~20 行 output 替代 ~3900 行 file load (-99%)。

9 條 decisions + 1 元規則 全部 ship

# 決策 對應 artifact
1 BECOME boundary rule BECOME §Step 6 L4 query update / commit c21735780
2 SENSES 5 觸手 mapping docs/semiont/SENSES.md stub + reports/senses-integration / commit 5d3d1136f
3 AI/Human 邊界 → MANIFESTO §自主權邊界 MANIFESTO §我的存在結構 expand / commit 5d3d1136f
4 DIARY universal-load 224 行 BECOME §Step 1.3 Universal core / commit (本)
5 REFLEXES.md 命名 docs/semiont/REFLEXES.md 576 行 / commit 5d3d1136f
6 MANIFESTO 三條進化哲學 不動 promotion 元規則 enforce / 元規則 → ANATOMY 已 ship
7 Phase 順序 CONSCIOUSNESS 先 三 commits 順序 c21735780 → 3465f4e3c → 5d3d1136f → (本)
8 Promotion rule → ANATOMY §認知層 promotion flow docs/semiont/ANATOMY.md §認知器官生命週期 expand / commit 5d3d1136f
9 MANIFESTO 三段 section-level loading BECOME §Step 1.1 awk recipe / commit (本)
M1 認知層 promotion flow 元規則 canonical ANATOMY + LESSONS-INBOX §Distill SOP step 5 / commit 5d3d1136f

長期 architectural 收穫

  1. 🧠 認知層 promotion flow canonical — 物種 self-evolution mechanism 統一 canonical (LESSONS → REFLEXES → MANIFESTO → reports/)
  2. 🪞 REFLEXES.md 第 9 認知器官 — DNA = lookup vs reflex = instinct 的 conceptual category error 修正
  3. 📐 BECOME boundary rule — identity + cross-session continuity 留 / work artifact inspection 移 task-specific
  4. 🎯 CONSCIOUSNESS 動態化 — dashboard JSON 接管，1 年沒落地的 plan 終於 ship
  5. 🛠️ 三個 boot signal 工具 — consciousness-snapshot / routine-status / inbox-signal，universal load -99%
  6. 👁️ SENSES apoptosis — operations layer 散到 pipelines + governance 進 MANIFESTO §自主權邊界
  7. ⚡ BECOME v2.0 Mode dispatcher — §分層載入 advisory advice 升 runtime executable mode dispatcher，13 題 self-test mode subset

footer

current: v0.3 | 2026-05-13 PM — Phase A + B1 + C consolidated all shipped (4 commits on main)。BECOME v2.0 Mode dispatcher / REFLEXES 拆檔 / SENSES apoptosis / 認知層 promotion flow 統一 canonical 全部完成。design report 從 plan 變 ship 紀錄

v0.2 | 2026-05-13 session 2026-05-13-210341-manual — Decisions locked 2026-05-13 dialogue，9 條 + 1 元規則揭示，ready to ship

v0.1 | 2026-05-13 — initial draft + 6 Open Questions

完整 changelog → git log reports/become-boot-mode-design-2026-05-13.md